Инициатором создания Scar Symmetry выступил владелец звукозаписывающей студии Йонас Кьеллгрен. В 2004 году он предложил Хенрику Ольссону из Altered Aeon, в тот момент пользовавшихся этой студией, создать группу. Хенрик согласился занять место ударника и пригласил Пера Нильсона, также из Altered Aeon, в качестве второго гитариста. Через непродолжительное время к группе присоединились вокалист Кристиан Альвестам и басисит Кеннет Сейл. Новообразованная группа записала своё первое демо, композицию «Seeds of Rebellion», которое помогло Scar Symmetry заключить контракт с Cold Records (филиалом Metal Blade Records). В июне 2005 Scar Symmetry записывает дебютный альбом Symmetric in Design, за которым последовали выступления на фестивалях в Европе с такими группами как Soilwork, Hypocrisy и One Man Army.

В июне 2006 группа объявила о том, что теперь работает с Nuclear Blast Records. Под этим лейблом Scar Symmetry выпускают свой второй альбом Pitch Black Progress и вновь отправляется в тур — по Европе с Communic в рамках Waves of Pitch Black Decay Tour 2006 и по Америке с пионерами мелодик дэта, группами Dark Tranquillity и The Haunted. В сентябре 2007 группа участвует в другом туре по Северной Америке — «Live Consternation Tour» — с хедлайнерами Katatonia, Insomnium, и Swallow the Sun.

Третий альбом группы, Holographic Universe, был выпущен 20 июня 2008 года. Против обыкновения Scar Symmetry не отправились в тур, а 11 сентября объявили, что группу из-за конфликтов и расхождений во взглядах на творчество покинул вокалист Кристиан Альвестам. Вскоре группа нашла ему замену и в октябре объявила о двух новых вокалистах — Роберте Карлсоне (гроул) и Ларсе Палмквисте (чистый вокал).

Четвёртый альбом группы, Dark Matter Dimensions, был выпущен 2 октября 2009 года в Европе и 10 октября 2009 года в США и стал первым альбомом, записанным с новыми вокалистами.